瞳孔颜色是由虹膜的结构着色引起的，受到多种因素的影响，包括黑色素在虹膜色素上皮细胞中的含量、黑色素在虹膜基质的浓度以及虹膜基质的细胞密度。
棕色瞳孔是亚洲人和非洲人中最常见的颜色，通常是由虹膜中黑色素浓度较高造成的。随着年龄的增长，瞳孔颜色可能会在一定程度上变浅。大多数看似黑色的眼睛实际上是深棕色的，因为虹膜中黑色素含量极高，黑色眼睛对环境变化的适应能力较强。琥珀色瞳孔常见于中欧人，如斯拉夫人、德国人、法国人等，这种颜色是由于虹膜中黑色素较少，而脂色素较多造成的。蓝色瞳孔在北欧民族中最为常见，如冰岛人、芬兰人和拉脱维亚人等。绿色眼睛通常不是纯粹的绿色，而是灰绿色。这种颜色是由于虹膜中黑色素比蓝眼睛的人还要少，同时又有较多呈黄色的脂色素造成的。银色眼睛非常罕见，通常由于基因缺失导致，具体原因尚不明确。红色眼睛在非病变眼睛中极为稀少，可以见于白化病患者。双色眼睛（虹膜异色症）即两个眼睛颜色不相同，由虹膜异色症导致。判断瞳色最简单的方法是在光线好的地方对着镜子观察，记清楚颜色后，可以到网上找对比颜色进行确认。也可以对着眼睛照相（注意不加滤镜），然后拿着照片对比颜色。若发现自己的瞳孔颜色发生了明显改变，建议及时就医，明确具体原因。